穴原薬師堂の開基は定かでないが、弘法大師（大同年間）が彫刻した如来像があったと古書に記されているといいます。穴原薬師堂には寛政6年(1794)に彫られた医王尊像が本尊として祀られ、日光菩薩・月光菩薩、12神将も安置し、昔から眼病によく効くと云われています。

山門は建築上の特徴等から寛政4年頃竣工したと推察され、山門の仁王は、寛政4年（1792）に田村利八、孫助、塩右衛門が彫刻したもの。山門楼上には16羅漢の木像も安置されています。境内には、無数の庚申塔や石仏もあります。

穴原薬師堂山門

穴原薬師本堂脇の馬鳴菩薩と庚申塔

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